●複合性腸炎と腸内毒素症（enterotoxemia）
軟便と下痢などの症状から、内毒素症，敗血症そして死へと関連づけられる複合腸炎は臨床においてはよく見る疾病の一つである。気をつけなければいけないのは何の前触れも無く死の転帰をとる場合があるということだ。食欲や糞の状態が正常であってもこれらは突然死という形で現れる。治療をする暇がなく死亡する点においては非常に恐ろしい疾病と言える。

この疾病は病原性のある細菌とそれらの増殖を許す要素が原因となる。これらの要素は食事、抗生剤の影響、各種感染症、寄生虫、ストレス、先天的な腸の機能障害などに関与している。軟便やしまりのない糞がでるような簡単な腸炎の場合は，盲腸内細菌叢、pH、あるいは腸管の運動性の変化が原因でおこる物と考えられる。簡単な食事の改善－たとえば野菜や干し草などの給餌により繊維質を増やしてやったり、ストレスを取り除いたりすること－で問題点は改善される。ただし、仔うさぎに関しては早急に糞便検査を施し、寄生虫性の腸炎を除外しておかなくてはならない。また必要に応じて皮下補液を行い脱水の改善を行う必要がある。

●腸性毒症
腸炎よりも重篤な悪性細菌症（dysbiosis)として特徴づけられるうさぎの腸内毒素症はClostridium spiroformeが産生するイオタトキシン様毒素に依って引き起こされる。他のクロストリディウム属、とりわけC.difficileとC.perfringensも報告されているが、現在では本疾病の原因とは考えられていない。
 
若齢のうさぎ（3-6週齢）はこの影響を大変受けやすく，死亡率も非常に高い。またC.sporoformeの場合わずかな曝露でも腸内毒素症が発症する可能性がある、発症の可能性が高い要因として，若齢うさぎの胃腸内細菌叢が未発達であることに加え胃のpHも高いことが挙げられる。このため容易にC.spiroformeの増殖を許してしまう。成うさぎは抵抗力が強いので、一般的には悪性細菌症を起こしたり、細菌などが繁殖するためには食事、環境、あるいは他のストレスが必要とする。急激なC.spiroformeの増殖によって、正常な盲腸細菌叢の深刻な破壊を招くことになる。

腸内毒素症の雌うさぎが子うさぎに授乳していると、いわゆる「ミルク介在性腸内毒素症」を引き起こす。これは雌の盲腸で産生されたClostoridium属の腸内毒素が原因でおこり，ミルクを通じて子供に移行するものである。急性の病気で、うさぎは食欲廃絶となり、著しく元気がなくなる。下痢は茶褐色の水様で、会陰部とうさぎの後肢を汚す。便は血液か粘液を含んでいるかも知れない。

病気が進行するにつれ、うさぎは低体温を呈し消耗してゆき、そして24-48時間以内には死亡するかもしれない。この病気が慢性に移行した場合は、間欠性の下痢、食欲不振そして体重減少などの特徴的な症状を呈する。これらのうさぎの死亡解剖の結果、盲腸の漿膜表面に点状出血や斑状出血が認められる。盲腸や結腸の基始部もまた含まれているかもしれない。イレウスの結果、大量のガスが腸管、盲腸、結腸のいたる所でみられる。また出血、偽膜、粘液が盲腸や結腸の基始部の粘膜に出血や、偽膜，粘液がみられるかもしれない。 

●粘液性腸炎
7～14週齢の子うさぎが羅患し死亡する大きな原因の一つが粘液性腸炎である。特徴的な症状は食欲不振、元気消沈、体重減少、下痢、盲腸の縮小、そして盲腸内での過剰な粘液の産生である。細菌性のdysbiosis、盲腸の酸分泌過剰、そして粘液性腸炎などの症状との関連を関係は不明である。変性した生産物、揮発性脂肪酸の吸収、炭水化物の激しい発酵などから盲腸のpHが変化し、盲腸内の微生物の数を不安定にし盲腸と結腸内で粘液生産が促進される。繊維質が多く単純な炭水化物が低い食事を与えることで予防となる。
 
●抗生剤投与による二次的な悪性細菌症（医原性の菌交代症）
腸炎の発症に関わる他の要因として、抗生物質投与とストレスがあげられる。ある種の抗生剤は正常な細菌叢を破壊し、病原性を持つ細菌の繁殖を許してしまう。クリンダマイシン、リンコマイシン、ペニシリン、アンピシリン、アモキシシリン、セファロスポリン、エリスロマイシンはうさぎに腸炎を誘発する。エピネフィリン介在性の腸運動抑制はストレス誘発性腸炎の原因と考えられる。